Beberapa tahun setelah The Fruit of Grisaia... Tempat yang dulunya adalah “Akademi Mihama”, tempat perlindungan bagi gadis-gadis muda, kini telah berubah menjadi sekolah pelatihan SORD (Organisasi Khusus untuk Penelitian dan Pengembangan) yang didedikasikan untuk membina bakat untuk pertahanan nasional. Rena dan Maki berspesialisasi dalam senjata api, Tohka dan Gumi ahli dalam menembak jitu, Chris menangani bahan peledak dan pemrosesan data, dan Murasaki adalah ninja yang terampil dalam operasi intelijen. Bersama-sama, mereka menangani kasus-kasus yang terlalu rumit bagi polisi atau Pasukan Bela Diri, dan berulang kali menghadapi misi berbahaya. Ini adalah kisah para gadis muda ini, yang dilukis dengan darah dan mesiu. Pelajari lebih lanjut tentang Grisaia: Phantom Trigger.