Meskipun hanya terpisah oleh jarak yang dekat, Sekolah Menengah Umum Chidori dan Akademi Swasta Kikyo yang khusus untuk perempuan seolah-olah berasal dari dua dunia yang berbeda. Sementara Kikyo dikenal dengan reputasinya yang cemerlang dan lebih memilih siswa dari kalangan beruntung, Chidori justru menjadi tempat bagi para pelanggar hukum yang kurang bijak. Semua orang di Kikyo menyimpan rasa benci yang mendalam terhadap tetangga mereka di Chidori.

Rintarou Tsumugi, seorang pelajar berusia enam belas tahun di Chidori, memiliki wajah yang menakutkan sehingga orang-orang cenderung menghindarinya. Rintarou tidak mempermasalahkan hal ini, karena ia merasa puas dengan kelompok teman-temannya. Namun, ada satu hal yang belum ia sampaikan kepada mereka: terkadang, ia membantu di toko kue keluarganya.

Suatu hari di kantor, Rintarou melihat seorang pelanggan di sebuah meja, tetapi gadis itu melarikan diri sebelum dia sempat menyapa. Keesokan harinya, dia menerima pesan permintaan maaf dari gadis itu, Kaoruko Waguri, yang menjelaskan bahwa dia tidak pergi karena penampilannya, melainkan karena dia percaya Rintarou adalah orang yang baik hati. Meskipun Rintarou belum terbiasa dengan kepribadian ceria Kaoruko, dia berharap bisa menjalin persahabatan dengannya. Namun, ada satu halangan yang menghalangi jalannya: Kaoruko adalah seorang siswa Kikyo!

Pelajari lebih lanjut tentang Kaoru Hana wa Rin to Saku.