Setelah lima tahun menyimpan perasaan yang terpendam, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya merasa siap untuk mengungkapkan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, saat Taiju mulai menyatakan perasaannya, cahaya hijau yang menyilaukan tiba-tiba menyinari Bumi dan mengubah manusia di seluruh dunia menjadi batu—mengubah setiap orang menjadi patung.

Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan mendapati bahwa dunia modern sudah tidak ada lagi, karena alam telah berkembang pesat selama bertahun-tahun ketika manusia terhenti. Di antara dunia batu yang dipenuhi patung, Taiju bertemu dengan satu-satunya manusia hidup lainnya: temannya yang sangat mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju menemukan bahwa Senkuu telah merancang rencana besar—untuk membangkitkan kembali peradaban dengan kekuatan sains. Kekuatan fisik Taiju dan kecerdasan Senkuu berpadu untuk membentuk kemitraan yang kuat, dan mereka segera menemukan cara untuk menghidupkan kembali orang-orang yang terperangkap dalam batu.

Namun, rencana besar Senkuu berada dalam bahaya ketika ideologinya mulai ditantang oleh mereka yang terbangun. Sementara itu, alasan di balik pembatuan umat manusia masih menjadi misteri.

Pelajari lebih lanjut tentang Dr. Stone.